结合新发地市场流行病学调查，研究人员初步确定综合交易大厅地下一层(牛羊肉大厅)水产区S14号摊位可能是感染的源头：S14号摊位的7位工作人员均为新冠确诊病例，且症状出现时间相对较早。根据流行病学模型推断的疫情开始时间范围内，共有5位顾客新冠抗体检测阳性，且这5位顾客都到访过S14号摊位。这5位顾客及其密切接触者在过去14天内都未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员，进一步提示疫情是由新发地市场向外传播。

研究团队进一步利用自主开发的低病毒载量样品处理方法，对110个病例和环境样本进行了高通量核酸测序，共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现，这些序列均具有8个特征性突变位点(C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T)，这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T之外，具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些结果进一步提示新发地疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。

北京市疾病预防控制中心庞星火主任医师、吴双胜主管医师，中国医学科学院病原生物学研究所任丽丽研究员和中国科学院北京基因组研究所研究生马文泰为论文共同第一作者。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟研究员，北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心/生物医学前沿创新中心/化学学院黄岩谊教授，清华大学(北京)结构生物学高精尖创新中心/生命科学学院王建斌研究员，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)李明锟研究员，北京市疾病预防控制中心王全意研究员、潘阳副研究员为共同通讯作者。